stk.molecular package

Subpackages

• stk.molecular.atoms package
  • Submodules
    • Atom
    • Atom
      • Atom.__init__()
      • Atom.clone()
      • Atom.get_atomic_number()
      • Atom.get_charge()
      • Atom.get_id()
      • Atom.with_id()
    • Atom Info
    • AtomInfo
      • AtomInfo.__init__()
      • AtomInfo.get_atom()
      • AtomInfo.get_building_block()
      • AtomInfo.get_building_block_atom()
      • AtomInfo.get_building_block_id()
    • Elements
    • Ac
      • Ac.__init__()
      • Ac.clone()
      • Ac.get_atomic_number()
      • Ac.get_charge()
      • Ac.get_id()
      • Ac.with_id()
    • Ag
      • Ag.__init__()
      • Ag.clone()
      • Ag.get_atomic_number()
      • Ag.get_charge()
      • Ag.get_id()
      • Ag.with_id()
    • Al
      • Al.__init__()
      • Al.clone()
      • Al.get_atomic_number()
      • Al.get_charge()
      • Al.get_id()
      • Al.with_id()
    • Am
      • Am.__init__()
      • Am.clone()
      • Am.get_atomic_number()
      • Am.get_charge()
      • Am.get_id()
      • Am.with_id()
    • Ar
      • Ar.__init__()
      • Ar.clone()
      • Ar.get_atomic_number()
      • Ar.get_charge()
      • Ar.get_id()
      • Ar.with_id()
    • As
      • As.__init__()
      • As.clone()
      • As.get_atomic_number()
      • As.get_charge()
      • As.get_id()
      • As.with_id()
    • At
      • At.__init__()
      • At.clone()
      • At.get_atomic_number()
      • At.get_charge()
      • At.get_id()
      • At.with_id()
    • AtomImpl
      • AtomImpl.__init__()
      • AtomImpl.clone()
      • AtomImpl.get_atomic_number()
      • AtomImpl.get_charge()
      • AtomImpl.get_id()
      • AtomImpl.with_id()
    • Au
      • Au.__init__()
      • Au.clone()
      • Au.get_atomic_number()
      • Au.get_charge()
      • Au.get_id()
      • Au.with_id()
    • B
      • B.__init__()
      • B.clone()
      • B.get_atomic_number()
      • B.get_charge()
      • B.get_id()
      • B.with_id()
    • Ba
      • Ba.__init__()
      • Ba.clone()
      • Ba.get_atomic_number()
      • Ba.get_charge()
      • Ba.get_id()
      • Ba.with_id()
    • Be
      • Be.__init__()
      • Be.clone()
      • Be.get_atomic_number()
      • Be.get_charge()
      • Be.get_id()
      • Be.with_id()
    • Bh
      • Bh.__init__()
      • Bh.clone()
      • Bh.get_atomic_number()
      • Bh.get_charge()
      • Bh.get_id()
      • Bh.with_id()
    • Bi
      • Bi.__init__()
      • Bi.clone()
      • Bi.get_atomic_number()
      • Bi.get_charge()
      • Bi.get_id()
      • Bi.with_id()
    • Bk
      • Bk.__init__()
      • Bk.clone()
      • Bk.get_atomic_number()
      • Bk.get_charge()
      • Bk.get_id()
      • Bk.with_id()
    • Br
      • Br.__init__()
      • Br.clone()
      • Br.get_atomic_number()
      • Br.get_charge()
      • Br.get_id()
      • Br.with_id()
    • C
      • C.__init__()
      • C.clone()
      • C.get_atomic_number()
      • C.get_charge()
      • C.get_id()
      • C.with_id()
    • Ca
      • Ca.__init__()
      • Ca.clone()
      • Ca.get_atomic_number()
      • Ca.get_charge()
      • Ca.get_id()
      • Ca.with_id()
    • Cd
      • Cd.__init__()
      • Cd.clone()
      • Cd.get_atomic_number()
      • Cd.get_charge()
      • Cd.get_id()
      • Cd.with_id()
    • Ce
      • Ce.__init__()
      • Ce.clone()
      • Ce.get_atomic_number()
      • Ce.get_charge()
      • Ce.get_id()
      • Ce.with_id()
    • Cf
      • Cf.__init__()
      • Cf.clone()
      • Cf.get_atomic_number()
      • Cf.get_charge()
      • Cf.get_id()
      • Cf.with_id()
    • Cl
      • Cl.__init__()
      • Cl.clone()
      • Cl.get_atomic_number()
      • Cl.get_charge()
      • Cl.get_id()
      • Cl.with_id()
    • Cm
      • Cm.__init__()
      • Cm.clone()
      • Cm.get_atomic_number()
      • Cm.get_charge()
      • Cm.get_id()
      • Cm.with_id()
    • Cn
      • Cn.__init__()
      • Cn.clone()
      • Cn.get_atomic_number()
      • Cn.get_charge()
      • Cn.get_id()
      • Cn.with_id()
    • Co
      • Co.__init__()
      • Co.clone()
      • Co.get_atomic_number()
      • Co.get_charge()
      • Co.get_id()
      • Co.with_id()
    • Cr
      • Cr.__init__()
      • Cr.clone()
      • Cr.get_atomic_number()
      • Cr.get_charge()
      • Cr.get_id()
      • Cr.with_id()
    • Cs
      • Cs.__init__()
      • Cs.clone()
      • Cs.get_atomic_number()
      • Cs.get_charge()
      • Cs.get_id()
      • Cs.with_id()
    • Cu
      • Cu.__init__()
      • Cu.clone()
      • Cu.get_atomic_number()
      • Cu.get_charge()
      • Cu.get_id()
      • Cu.with_id()
    • Db
      • Db.__init__()
      • Db.clone()
      • Db.get_atomic_number()
      • Db.get_charge()
      • Db.get_id()
      • Db.with_id()
    • Ds
      • Ds.__init__()
      • Ds.clone()
      • Ds.get_atomic_number()
      • Ds.get_charge()
      • Ds.get_id()
      • Ds.with_id()
    • Dy
      • Dy.__init__()
      • Dy.clone()
      • Dy.get_atomic_number()
      • Dy.get_charge()
      • Dy.get_id()
      • Dy.with_id()
    • Er
      • Er.__init__()
      • Er.clone()
      • Er.get_atomic_number()
      • Er.get_charge()
      • Er.get_id()
      • Er.with_id()
    • Es
      • Es.__init__()
      • Es.clone()
      • Es.get_atomic_number()
      • Es.get_charge()
      • Es.get_id()
      • Es.with_id()
    • Eu
      • Eu.__init__()
      • Eu.clone()
      • Eu.get_atomic_number()
      • Eu.get_charge()
      • Eu.get_id()
      • Eu.with_id()
    • F
      • F.__init__()
      • F.clone()
      • F.get_atomic_number()
      • F.get_charge()
      • F.get_id()
      • F.with_id()
    • Fe
      • Fe.__init__()
      • Fe.clone()
      • Fe.get_atomic_number()
      • Fe.get_charge()
      • Fe.get_id()
      • Fe.with_id()
    • Fl
      • Fl.__init__()
      • Fl.clone()
      • Fl.get_atomic_number()
      • Fl.get_charge()
      • Fl.get_id()
      • Fl.with_id()
    • Fm
      • Fm.__init__()
      • Fm.clone()
      • Fm.get_atomic_number()
      • Fm.get_charge()
      • Fm.get_id()
      • Fm.with_id()
    • Fr
      • Fr.__init__()
      • Fr.clone()
      • Fr.get_atomic_number()
      • Fr.get_charge()
      • Fr.get_id()
      • Fr.with_id()
    • Ga
      • Ga.__init__()
      • Ga.clone()
      • Ga.get_atomic_number()
      • Ga.get_charge()
      • Ga.get_id()
      • Ga.with_id()
    • Gd
      • Gd.__init__()
      • Gd.clone()
      • Gd.get_atomic_number()
      • Gd.get_charge()
      • Gd.get_id()
      • Gd.with_id()
    • Ge
      • Ge.__init__()
      • Ge.clone()
      • Ge.get_atomic_number()
      • Ge.get_charge()
      • Ge.get_id()
      • Ge.with_id()
    • H
      • H.__init__()
      • H.clone()
      • H.get_atomic_number()
      • H.get_charge()
      • H.get_id()
      • H.with_id()
    • He
      • He.__init__()
      • He.clone()
      • He.get_atomic_number()
      • He.get_charge()
      • He.get_id()
      • He.with_id()
    • Hf
      • Hf.__init__()
      • Hf.clone()
      • Hf.get_atomic_number()
      • Hf.get_charge()
      • Hf.get_id()
      • Hf.with_id()
    • Hg
      • Hg.__init__()
      • Hg.clone()
      • Hg.get_atomic_number()
      • Hg.get_charge()
      • Hg.get_id()
      • Hg.with_id()
    • Ho
      • Ho.__init__()
      • Ho.clone()
      • Ho.get_atomic_number()
      • Ho.get_charge()
      • Ho.get_id()
      • Ho.with_id()
    • Hs
      • Hs.__init__()
      • Hs.clone()
      • Hs.get_atomic_number()
      • Hs.get_charge()
      • Hs.get_id()
      • Hs.with_id()
    • I
      • I.__init__()
      • I.clone()
      • I.get_atomic_number()
      • I.get_charge()
      • I.get_id()
      • I.with_id()
    • In
      • In.__init__()
      • In.clone()
      • In.get_atomic_number()
      • In.get_charge()
      • In.get_id()
      • In.with_id()
    • Ir
      • Ir.__init__()
      • Ir.clone()
      • Ir.get_atomic_number()
      • Ir.get_charge()
      • Ir.get_id()
      • Ir.with_id()
    • K
      • K.__init__()
      • K.clone()
      • K.get_atomic_number()
      • K.get_charge()
      • K.get_id()
      • K.with_id()
    • Kr
      • Kr.__init__()
      • Kr.clone()
      • Kr.get_atomic_number()
      • Kr.get_charge()
      • Kr.get_id()
      • Kr.with_id()
    • La
      • La.__init__()
      • La.clone()
      • La.get_atomic_number()
      • La.get_charge()
      • La.get_id()
      • La.with_id()
    • Li
      • Li.__init__()
      • Li.clone()
      • Li.get_atomic_number()
      • Li.get_charge()
      • Li.get_id()
      • Li.with_id()
    • Lr
      • Lr.__init__()
      • Lr.clone()
      • Lr.get_atomic_number()
      • Lr.get_charge()
      • Lr.get_id()
      • Lr.with_id()
    • Lu
      • Lu.__init__()
      • Lu.clone()
      • Lu.get_atomic_number()
      • Lu.get_charge()
      • Lu.get_id()
      • Lu.with_id()
    • Lv
      • Lv.__init__()
      • Lv.clone()
      • Lv.get_atomic_number()
      • Lv.get_charge()
      • Lv.get_id()
      • Lv.with_id()
    • Mc
      • Mc.__init__()
      • Mc.clone()
      • Mc.get_atomic_number()
      • Mc.get_charge()
      • Mc.get_id()
      • Mc.with_id()
    • Md
      • Md.__init__()
      • Md.clone()
      • Md.get_atomic_number()
      • Md.get_charge()
      • Md.get_id()
      • Md.with_id()
    • Mg
      • Mg.__init__()
      • Mg.clone()
      • Mg.get_atomic_number()
      • Mg.get_charge()
      • Mg.get_id()
      • Mg.with_id()
    • Mn
      • Mn.__init__()
      • Mn.clone()
      • Mn.get_atomic_number()
      • Mn.get_charge()
      • Mn.get_id()
      • Mn.with_id()
    • Mo
      • Mo.__init__()
      • Mo.clone()
      • Mo.get_atomic_number()
      • Mo.get_charge()
      • Mo.get_id()
      • Mo.with_id()
    • Mt
      • Mt.__init__()
      • Mt.clone()
      • Mt.get_atomic_number()
      • Mt.get_charge()
      • Mt.get_id()
      • Mt.with_id()
    • N
      • N.__init__()
      • N.clone()
      • N.get_atomic_number()
      • N.get_charge()
      • N.get_id()
      • N.with_id()
    • Na
      • Na.__init__()
      • Na.clone()
      • Na.get_atomic_number()
      • Na.get_charge()
      • Na.get_id()
      • Na.with_id()
    • Nb
      • Nb.__init__()
      • Nb.clone()
      • Nb.get_atomic_number()
      • Nb.get_charge()
      • Nb.get_id()
      • Nb.with_id()
    • Nd
      • Nd.__init__()
      • Nd.clone()
      • Nd.get_atomic_number()
      • Nd.get_charge()
      • Nd.get_id()
      • Nd.with_id()
    • Ne
      • Ne.__init__()
      • Ne.clone()
      • Ne.get_atomic_number()
      • Ne.get_charge()
      • Ne.get_id()
      • Ne.with_id()
    • Nh
      • Nh.__init__()
      • Nh.clone()
      • Nh.get_atomic_number()
      • Nh.get_charge()
      • Nh.get_id()
      • Nh.with_id()
    • Ni
      • Ni.__init__()
      • Ni.clone()
      • Ni.get_atomic_number()
      • Ni.get_charge()
      • Ni.get_id()
      • Ni.with_id()
    • No
      • No.__init__()
      • No.clone()
      • No.get_atomic_number()
      • No.get_charge()
      • No.get_id()
      • No.with_id()
    • Np
      • Np.__init__()
      • Np.clone()
      • Np.get_atomic_number()
      • Np.get_charge()
      • Np.get_id()
      • Np.with_id()
    • O
      • O.__init__()
      • O.clone()
      • O.get_atomic_number()
      • O.get_charge()
      • O.get_id()
      • O.with_id()
    • Og
      • Og.__init__()
      • Og.clone()
      • Og.get_atomic_number()
      • Og.get_charge()
      • Og.get_id()
      • Og.with_id()
    • Os
      • Os.__init__()
      • Os.clone()
      • Os.get_atomic_number()
      • Os.get_charge()
      • Os.get_id()
      • Os.with_id()
    • P
      • P.__init__()
      • P.clone()
      • P.get_atomic_number()
      • P.get_charge()
      • P.get_id()
      • P.with_id()
    • Pa
      • Pa.__init__()
      • Pa.clone()
      • Pa.get_atomic_number()
      • Pa.get_charge()
      • Pa.get_id()
      • Pa.with_id()
    • Pb
      • Pb.__init__()
      • Pb.clone()
      • Pb.get_atomic_number()
      • Pb.get_charge()
      • Pb.get_id()
      • Pb.with_id()
    • Pd
      • Pd.__init__()
      • Pd.clone()
      • Pd.get_atomic_number()
      • Pd.get_charge()
      • Pd.get_id()
      • Pd.with_id()
    • Pm
      • Pm.__init__()
      • Pm.clone()
      • Pm.get_atomic_number()
      • Pm.get_charge()
      • Pm.get_id()
      • Pm.with_id()
    • Po
      • Po.__init__()
      • Po.clone()
      • Po.get_atomic_number()
      • Po.get_charge()
      • Po.get_id()
      • Po.with_id()
    • Pr
      • Pr.__init__()
      • Pr.clone()
      • Pr.get_atomic_number()
      • Pr.get_charge()
      • Pr.get_id()
      • Pr.with_id()
    • Pt
      • Pt.__init__()
      • Pt.clone()
      • Pt.get_atomic_number()
      • Pt.get_charge()
      • Pt.get_id()
      • Pt.with_id()
    • Pu
      • Pu.__init__()
      • Pu.clone()
      • Pu.get_atomic_number()
      • Pu.get_charge()
      • Pu.get_id()
      • Pu.with_id()
    • Ra
      • Ra.__init__()
      • Ra.clone()
      • Ra.get_atomic_number()
      • Ra.get_charge()
      • Ra.get_id()
      • Ra.with_id()
    • Rb
      • Rb.__init__()
      • Rb.clone()
      • Rb.get_atomic_number()
      • Rb.get_charge()
      • Rb.get_id()
      • Rb.with_id()
    • Re
      • Re.__init__()
      • Re.clone()
      • Re.get_atomic_number()
      • Re.get_charge()
      • Re.get_id()
      • Re.with_id()
    • Rf
      • Rf.__init__()
      • Rf.clone()
      • Rf.get_atomic_number()
      • Rf.get_charge()
      • Rf.get_id()
      • Rf.with_id()
    • Rg
      • Rg.__init__()
      • Rg.clone()
      • Rg.get_atomic_number()
      • Rg.get_charge()
      • Rg.get_id()
      • Rg.with_id()
    • Rh
      • Rh.__init__()
      • Rh.clone()
      • Rh.get_atomic_number()
      • Rh.get_charge()
      • Rh.get_id()
      • Rh.with_id()
    • Rn
      • Rn.__init__()
      • Rn.clone()
      • Rn.get_atomic_number()
      • Rn.get_charge()
      • Rn.get_id()
      • Rn.with_id()
    • Ru
      • Ru.__init__()
      • Ru.clone()
      • Ru.get_atomic_number()
      • Ru.get_charge()
      • Ru.get_id()
      • Ru.with_id()
    • S
      • S.__init__()
      • S.clone()
      • S.get_atomic_number()
      • S.get_charge()
      • S.get_id()
      • S.with_id()
    • Sb
      • Sb.__init__()
      • Sb.clone()
      • Sb.get_atomic_number()
      • Sb.get_charge()
      • Sb.get_id()
      • Sb.with_id()
    • Sc
      • Sc.__init__()
      • Sc.clone()
      • Sc.get_atomic_number()
      • Sc.get_charge()
      • Sc.get_id()
      • Sc.with_id()
    • Se
      • Se.__init__()
      • Se.clone()
      • Se.get_atomic_number()
      • Se.get_charge()
      • Se.get_id()
      • Se.with_id()
    • Sg
      • Sg.__init__()
      • Sg.clone()
      • Sg.get_atomic_number()
      • Sg.get_charge()
      • Sg.get_id()
      • Sg.with_id()
    • Si
      • Si.__init__()
      • Si.clone()
      • Si.get_atomic_number()
      • Si.get_charge()
      • Si.get_id()
      • Si.with_id()
    • Sm
      • Sm.__init__()
      • Sm.clone()
      • Sm.get_atomic_number()
      • Sm.get_charge()
      • Sm.get_id()
      • Sm.with_id()
    • Sn
      • Sn.__init__()
      • Sn.clone()
      • Sn.get_atomic_number()
      • Sn.get_charge()
      • Sn.get_id()
      • Sn.with_id()
    • Sr
      • Sr.__init__()
      • Sr.clone()
      • Sr.get_atomic_number()
      • Sr.get_charge()
      • Sr.get_id()
      • Sr.with_id()
    • Ta
      • Ta.__init__()
      • Ta.clone()
      • Ta.get_atomic_number()
      • Ta.get_charge()
      • Ta.get_id()
      • Ta.with_id()
    • Tb
      • Tb.__init__()
      • Tb.clone()
      • Tb.get_atomic_number()
      • Tb.get_charge()
      • Tb.get_id()
      • Tb.with_id()
    • Tc
      • Tc.__init__()
      • Tc.clone()
      • Tc.get_atomic_number()
      • Tc.get_charge()
      • Tc.get_id()
      • Tc.with_id()
    • Te
      • Te.__init__()
      • Te.clone()
      • Te.get_atomic_number()
      • Te.get_charge()
      • Te.get_id()
      • Te.with_id()
    • Th
      • Th.__init__()
      • Th.clone()
      • Th.get_atomic_number()
      • Th.get_charge()
      • Th.get_id()
      • Th.with_id()
    • Ti
      • Ti.__init__()
      • Ti.clone()
      • Ti.get_atomic_number()
      • Ti.get_charge()
      • Ti.get_id()
      • Ti.with_id()
    • Tl
      • Tl.__init__()
      • Tl.clone()
      • Tl.get_atomic_number()
      • Tl.get_charge()
      • Tl.get_id()
      • Tl.with_id()
    • Tm
      • Tm.__init__()
      • Tm.clone()
      • Tm.get_atomic_number()
      • Tm.get_charge()
      • Tm.get_id()
      • Tm.with_id()
    • Ts
      • Ts.__init__()
      • Ts.clone()
      • Ts.get_atomic_number()
      • Ts.get_charge()
      • Ts.get_id()
      • Ts.with_id()
    • U
      • U.__init__()
      • U.clone()
      • U.get_atomic_number()
      • U.get_charge()
      • U.get_id()
      • U.with_id()
    • V
      • V.__init__()
      • V.clone()
      • V.get_atomic_number()
      • V.get_charge()
      • V.get_id()
      • V.with_id()
    • W
      • W.__init__()
      • W.clone()
      • W.get_atomic_number()
      • W.get_charge()
      • W.get_id()
      • W.with_id()
    • Xe
      • Xe.__init__()
      • Xe.clone()
      • Xe.get_atomic_number()
      • Xe.get_charge()
      • Xe.get_id()
      • Xe.with_id()
    • Y
      • Y.__init__()
      • Y.clone()
      • Y.get_atomic_number()
      • Y.get_charge()
      • Y.get_id()
      • Y.with_id()
    • Yb
      • Yb.__init__()
      • Yb.clone()
      • Yb.get_atomic_number()
      • Yb.get_charge()
      • Yb.get_id()
      • Yb.with_id()
    • Zn
      • Zn.__init__()
      • Zn.clone()
      • Zn.get_atomic_number()
      • Zn.get_charge()
      • Zn.get_id()
      • Zn.with_id()
    • Zr
      • Zr.__init__()
      • Zr.clone()
      • Zr.get_atomic_number()
      • Zr.get_charge()
      • Zr.get_id()
      • Zr.with_id()
• stk.molecular.bonds package
  • Submodules
    • Bond
    • Bond
      • Bond.__init__()
      • Bond.clone()
      • Bond.get_atom1()
      • Bond.get_atom2()
      • Bond.get_order()
      • Bond.get_periodicity()
      • Bond.is_periodic()
      • Bond.with_atoms()
      • Bond.with_ids()
    • Bond Info
    • BondInfo
      • BondInfo.__init__()
      • BondInfo.get_bond()
      • BondInfo.get_building_block()
      • BondInfo.get_building_block_id()
• stk.molecular.functional_groups package
  • Subpackages
    • stk.molecular.functional_groups.factories package
      • Submodules
    • stk.molecular.functional_groups.functional_groups package
      • Submodules
• stk.molecular.key_makers package
  • Submodules
    • InChI
    • Inchi
      • Inchi.__init__()
      • Inchi.get_key()
      • Inchi.get_key_name()
    • InChIKey
    • InchiKey
      • InchiKey.__init__()
      • InchiKey.get_key()
      • InchiKey.get_key_name()
    • Molecule Key Maker
      • InChI
      • Inchi
      • InChIKey
      • InchiKey
      • SMILES
      • Smiles
    • MoleculeKeyMaker
      • MoleculeKeyMaker.__init__()
      • MoleculeKeyMaker.get_key()
      • MoleculeKeyMaker.get_key_name()
    • SMILES
    • Smiles
      • Smiles.__init__()
      • Smiles.get_key()
      • Smiles.get_key_name()
    • Key Maker Utilities
    • get_inchi()
    • get_inchi_key()
    • get_smiles()
• stk.molecular.molecules package
  • Subpackages
    • stk.molecular.molecules.molecule package
      • Subpackages
      • Submodules
  • Submodules
    • Building Block
    • BuildingBlock
      • BuildingBlock.__init__()
      • BuildingBlock.clone()
      • BuildingBlock.get_atomic_positions()
      • BuildingBlock.get_atoms()
      • BuildingBlock.get_bonds()
      • BuildingBlock.get_canonical_atom_ids()
      • BuildingBlock.get_centroid()
      • BuildingBlock.get_core_atom_ids()
      • BuildingBlock.get_direction()
      • BuildingBlock.get_functional_groups()
      • BuildingBlock.get_maximum_diameter()
      • BuildingBlock.get_num_atoms()
      • BuildingBlock.get_num_bonds()
      • BuildingBlock.get_num_functional_groups()
      • BuildingBlock.get_num_placers()
      • BuildingBlock.get_placer_ids()
      • BuildingBlock.get_plane_normal()
      • BuildingBlock.get_position_matrix()
      • BuildingBlock.init()
      • BuildingBlock.init_from_file()
      • BuildingBlock.init_from_molecule()
      • BuildingBlock.init_from_rdkit_mol()
      • BuildingBlock.init_from_vabene_molecule()
      • BuildingBlock.to_rdkit_mol()
      • BuildingBlock.with_canonical_atom_ordering()
      • BuildingBlock.with_centroid()
      • BuildingBlock.with_displacement()
      • BuildingBlock.with_functional_groups()
      • BuildingBlock.with_position_matrix()
      • BuildingBlock.with_rotation_about_axis()
      • BuildingBlock.with_rotation_between_vectors()
      • BuildingBlock.with_rotation_to_minimize_angle()
      • BuildingBlock.with_structure_from_file()
      • BuildingBlock.write()
    • Constructed Molecule
    • ConstructedMolecule
      • ConstructedMolecule.__init__()
      • ConstructedMolecule.clone()
      • ConstructedMolecule.get_atom_infos()
      • ConstructedMolecule.get_atomic_positions()
      • ConstructedMolecule.get_atoms()
      • ConstructedMolecule.get_bond_infos()
      • ConstructedMolecule.get_bonds()
      • ConstructedMolecule.get_building_blocks()
      • ConstructedMolecule.get_canonical_atom_ids()
      • ConstructedMolecule.get_centroid()
      • ConstructedMolecule.get_direction()
      • ConstructedMolecule.get_maximum_diameter()
      • ConstructedMolecule.get_num_atoms()
      • ConstructedMolecule.get_num_bonds()
      • ConstructedMolecule.get_num_building_block()
      • ConstructedMolecule.get_plane_normal()
      • ConstructedMolecule.get_position_matrix()
      • ConstructedMolecule.init()
      • ConstructedMolecule.init_from_construction_result()
      • ConstructedMolecule.to_rdkit_mol()
      • ConstructedMolecule.with_canonical_atom_ordering()
      • ConstructedMolecule.with_centroid()
      • ConstructedMolecule.with_displacement()
      • ConstructedMolecule.with_position_matrix()
      • ConstructedMolecule.with_rotation_about_axis()
      • ConstructedMolecule.with_rotation_between_vectors()
      • ConstructedMolecule.with_rotation_to_minimize_angle()
      • ConstructedMolecule.with_structure_from_file()
      • ConstructedMolecule.write()
    • Molecular Utilities
    • get_bond_atom_ids()
    • get_bond_info_atom_ids()
    • sort_bond_atoms_by_id()
• stk.molecular.reactions package
  • Subpackages
    • stk.molecular.reactions.factories package
      • Submodules
    • stk.molecular.reactions.reactions package
      • Subpackages
      • Submodules
• stk.molecular.topology_graphs package
  • Subpackages
    • stk.molecular.topology_graphs.cage package
      • Subpackages
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.cof package
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.host_guest package
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.macrocycle package
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.metal_complex package
      • Subpackages
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.polymer package
      • Polymer
      • Subpackages
    • stk.molecular.topology_graphs.rotaxane package
      • Rotaxane
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.topology_graph package
      • Subpackages
      • Submodules
    • stk.molecular.topology_graphs.utilities package
      • Submodules
• stk.molecular.writers package
  • Submodules
    • Mol Writer
    • MolWriter
      • MolWriter.to_string()
      • MolWriter.write()
    • PDB Writer
    • PdbWriter
      • PdbWriter.to_string()
      • PdbWriter.write()
    • Turbomole Writer
    • TurbomoleWriter
      • TurbomoleWriter.to_string()
      • TurbomoleWriter.write()
    • XYZ Writer
    • XyzWriter
      • XyzWriter.to_string()
      • XyzWriter.write()

Submodules

• Periodic Info
• PeriodicInfo
  • PeriodicInfo.__init__()
  • PeriodicInfo.clone()
  • PeriodicInfo.get_a()
  • PeriodicInfo.get_alpha()
  • PeriodicInfo.get_b()
  • PeriodicInfo.get_beta()
  • PeriodicInfo.get_c()
  • PeriodicInfo.get_cell_matrix()
  • PeriodicInfo.get_gamma()
  • PeriodicInfo.get_vector_1()
  • PeriodicInfo.get_vector_2()
  • PeriodicInfo.get_vector_3()